Klaipėdos uostamiesčio progimnazijoje Pradinis ir pagrindinis ugdymas organizuojamas vadovaujantis Pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo programų aprašu, patvirtintu Lietuvos Respublikos švietimo, mokslo ir sporto ministro 2023 m. balandžio 20 d. įsakymu Nr. V-570 „Dėl Pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo programų aprašo patvirtinimo“.
Pradinio ugdymo programa (1–4 kl.) sudaro sąlygas bręsti mokiniui kaip asmenybei, plėtoti pozityvius santykius su savimi, kitais žmonėmis, socialine, gamtine ir daugiakultūre aplinka, įgyti pažinimo, mokėjimo mokytis, sveikatos ir kitų kompetencijų integralius pradmenis, kaip prielaidą tolesniam sėkmingam ugdymuisi. Ugdymo procese taikomi tokie mokymo metodai, kurie ugdo mokinių aktyvumą, savarankiškumą, kritinį ir kūrybinį mąstymą, konstruktyvumą, gebėjimą spręsti problemas, orientuotis aplinkoje, atsakingai veikti.
Pagrindinio ugdymo programa (5–8 kl.) sudaro sąlygas mokiniui išsiugdyti dorinės, socialinės, kultūrinės ir pilietinės brandos bei tautinės savimonės pamatus, įgyti integralius kompetencijų pagrindus ir išbandyti save įvairiose veiklos srityse, siekiant apsispręsti dėl tolesnio ugdymosi kelio pasirinkimo. orientuojantis į tokį ugdymo procesą, kuris įtrauktų mokinį į aktyvų ir sąmoningą mokymąsi. Ugdymo procese skatinamas mokinių savarankiškas mąstymas, mokymasis iš patirties. Mokiniai mokosi aktyviai bendradarbiaudami tarpusavyje ir su mokytoju, bendraudami su kitais žmonėmis, susipažįsta su įvairiomis idėjomis, daiktais, aplinkomis, technologijomis. Mokymo metodai ir mokymosi veiklos parenkamos taip, kad mokymas atitiktų mokinių sukauptą patirtį, sugebėjimus, polinkius, pasirengimą mokytis, turimus išteklius ir priemones, emocinį klasės klimatą.
Įgyvendinant programas, ugdomos šios mokinių kompetencijos:
1. komunikavimo;
2. kultūrinė;
3. kūrybiškumo;
4. pažinimo;
5. pilietiškumo;
6. skaitmeninė;
7. socialinė, emocinė, sveikos gyvensenos.